授業科目名 年度 学期 開講曜日・時限 学部・研究科 全担当教員 単位数
33984:分子シミュレーション実験(M) § 33985:生命情報学実験4(M) 2023 春１Ｑ 水3-5 生命科学部 菊地 武司、塩生 くらら、高橋 卓也、冨樫 祐一、肥喜里 志門 1

キャンパス

BKC

授業施設

計算機実習室

授業で利用する言語

日本語

授業の概要と方法

生命情報学の基礎技術の習得を目的として、特にアミノ酸配列の解析、タンパク質立体構造のモデリング、定量的な構造活性相関に関する基礎について学ぶ。

BCPレベルに応じた　メディアを利用した授業を行うので、授業実施形態　を確認してください。

基本、manaba+Rにて資料を公開し、レポート提出等を課します。
また最終回では到達度の確認テストを行う予定です。
詳細はmanaba+Rを通じて指示しますので、各回の授業開始前にmanaba+Rをこまめに確認しておいてください。



受講生の到達目標

1. アミノ酸配列とタンパク質の構造との関連を理解している。
2. モデリングソフトウエアの基本的な部分が使いこなせる。
3. データベースから基本的な情報が取得できる。

事前に履修しておくことが望まれる科目

プログラム言語、数理生物学、生物科学、化学、物理学、生命物理科学
などの関連する基礎および専門科目を事前に履修しておくことが望まれる

授業スケジュール

授業回数/
担当教員（複数担当の場合） 		テーマ
キーワード・文献・補足事項等
全員

1
アミノ酸配列解析（１）

アミノ酸配列検索、配列相同性、系統樹

全員

2
アミノ酸配列解析（２）

タンパク質の構造データベース検索、構造解析

全員

3
アミノ酸配列解析（３）

ホモロジーモデリング

全員

4
タンパク質解析演習（１）

ドッキングモデリング

全員

5
タンパク質解析演習（２）

定量的構造活性相関

全員

6
タンパク質解析演習（３）

薬物の構造モデリング

全員

7
タンパク質解析演習（４）

3D-QSAR, CoMFA

全員

8
タンパク質解析総合解説　到達度確認テスト

講評＋解説　到達度確認テスト

授業実施形態

BCP停止の場合は、BCPレベル0～2の記載どおりに授業が行われます。
During the suspension period of BCP, classes will be as described in BCP levels 0-2.

BCP レベル1 2 3の場合、原則として全回対⾯形式で実施する。ただし、BCP レベル1 2 3であっても感染状況の悪化や不測の事態を考慮して、BCP4 の対応をする場合もありうる。詳細は、manaba+R にて連絡する。
BCP レベル4 となった場合には、初回授業はオンデマンド授業とし、授業2 回⽬以降はWeb でのリアルタイム授業を実施する。詳細はmanaba+R にて連絡する。

授業外学習の指示

配布する実習書に目を通して予習すること。
実習手順などをまとめておくこと。
レポート課題について予習すること。

成績評価方法

種別 割合(%) 評価基準等
定期試験（筆記） 0

レポート試験
（統一締切日を締切とするレポート）		 0

上記以外の試験・レポート、平常点評価
（日常的な授業における取組状況の評価）		 100

提出レポート内容、小テスト、予習復習の提出等によって、実習課題が習得されているか評価する。

成績評価方法(備考)

レポートは期限内に提出すること。遅れたものは原則受け付けない。
2/3以上の実習に出席していて，原則として、全てのレポートを提出した者のみを成績評価の対象とする．
（遅刻2回で欠席に相当するので要注意）
遅刻には厳正に対処する。
私語など授業妨害行為は厳しく減点

受講および研究に関するアドバイス

本実習は計算機実習であるので、操作内容がブラックボックスになりやすい。操作内容の意味を考えながら実習すること。
授業開始時間とともに実験，または実験の概容説明，注意を行うので、遅刻せず、きちんと課題を行い、レポートを期限までに必ず提出すること。

教科書

教科書(使用頻度、その他補足)

実習用のテキストまたはレジュメを各自に配布する。

参考書

書名 著者 出版社 ISBNコード 備考
できるバイオイオンフォマテイクス 広川貴次、美宅成樹 中山書店 4521014712

参考書(使用頻度、その他補足)

参考になるwwwページ

随時紹介する

授業内外における学生・教員間のコミュニケーションの方法

コミュニケーションペーパー,manaba+R,学生との直接対話,その他(教員より別途指示）

備考

レポートの作成にあたってはオリジナルなものを作成すること。ファイルのコピーは厳禁。
【科目ナンバリング・カリキュラムマップはこちらから/Click here to see the Curriculum-Map and Course-Numbering】
URL:https://secure.ritsumei.ac.jp/students/pathways-future/course/curriculum.html/