Course Name Year Term Period Faculty / Graduate School All Instructors Credits
33984:Experiments for Molecular Simulations (M) § 33985:Experiments in Bioinformatics 4 (M) 2023 S1Q Wed3-5 College　of　Life　Sciences KIKUCHI TAKESHI、SHIONYU CLARA、TAKAHASHI TAKUYA、TOGASHI YUICHI、HIKIRI SIMON 1

Campus

BKC

Class Venue

Computer Training Room

Language

Japanese

Course Outline and Method

生命情報学の基礎技術の習得を目的として、特にアミノ酸配列の解析、タンパク質立体構造のモデリング、定量的な構造活性相関に関する基礎について学ぶ。

BCPレベルに応じた　メディアを利用した授業を行うので、授業実施形態　を確認してください。

基本、manaba+Rにて資料を公開し、レポート提出等を課します。
また最終回では到達度の確認テストを行う予定です。
詳細はmanaba+Rを通じて指示しますので、各回の授業開始前にmanaba+Rをこまめに確認しておいてください。



Student Attainment Objectives

1. アミノ酸配列とタンパク質の構造との関連を理解している。
2. モデリングソフトウエアの基本的な部分が使いこなせる。
3. データベースから基本的な情報が取得できる。

Recommended Preparatory Course

プログラム言語、数理生物学、生物科学、化学、物理学、生命物理科学
などの関連する基礎および専門科目を事前に履修しておくことが望まれる

Course Schedule

Lecture/Instructor（When there are multiple instructors) Theme
Keyword, References and Supplementary Information
全員

1
アミノ酸配列解析（１）

アミノ酸配列検索、配列相同性、系統樹

全員

2
アミノ酸配列解析（２）

タンパク質の構造データベース検索、構造解析

全員

3
アミノ酸配列解析（３）

ホモロジーモデリング

全員

4
タンパク質解析演習（１）

ドッキングモデリング

全員

5
タンパク質解析演習（２）

定量的構造活性相関

全員

6
タンパク質解析演習（３）

薬物の構造モデリング

全員

7
タンパク質解析演習（４）

3D-QSAR, CoMFA

全員

8
タンパク質解析総合解説　到達度確認テスト

講評＋解説　到達度確認テスト

Class Format

BCP停止の場合は、BCPレベル0～2の記載どおりに授業が行われます。
During the suspension period of BCP, classes will be as described in BCP levels 0-2.

BCP レベル1 2 3の場合、原則として全回対⾯形式で実施する。ただし、BCP レベル1 2 3であっても感染状況の悪化や不測の事態を考慮して、BCP4 の対応をする場合もありうる。詳細は、manaba+R にて連絡する。
BCP レベル4 となった場合には、初回授業はオンデマンド授業とし、授業2 回⽬以降はWeb でのリアルタイム授業を実施する。詳細はmanaba+R にて連絡する。

Recommendations for Private Study

配布する実習書に目を通して予習すること。
実習手順などをまとめておくこと。
レポート課題について予習すること。

Grade Evaluation Method

Kind Percentage Grading Criteria etc.
Final Examination (Written) 0

Report Examination
(A report to be submitted by the unified deadline)		 0

Exams and/or Reports other than those stated above, and Continuous Assessment　
(Evaluation of Everyday Performance in Class)		 100

提出レポート内容、小テスト、予習復習の提出等によって、実習課題が習得されているか評価する。

Grade Evaluation Method （Note）

レポートは期限内に提出すること。遅れたものは原則受け付けない。
2/3以上の実習に出席していて，原則として、全てのレポートを提出した者のみを成績評価の対象とする．
（遅刻2回で欠席に相当するので要注意）
遅刻には厳正に対処する。
私語など授業妨害行為は厳しく減点

Advice to Students on Study and Research Methods

本実習は計算機実習であるので、操作内容がブラックボックスになりやすい。操作内容の意味を考えながら実習すること。
授業開始時間とともに実験，または実験の概容説明，注意を行うので、遅刻せず、きちんと課題を行い、レポートを期限までに必ず提出すること。

Textbooks

Textbooks （Frequency of Use, Note）

実習用のテキストまたはレジュメを各自に配布する。

Reference Books

Title Author Publisher ISBN Code Comment
できるバイオイオンフォマテイクス 広川貴次、美宅成樹 中山書店 4521014712

Reference Books （Frequency of Use, Note）

Web Pages for Reference

随時紹介する

How to Communicate with the Instructor In and Out of Class(Including Instructor Contact Information)

Communication Paper,Learning Management System （manaba+R）,Talk with Students,Other (Separate instructions will be provided)

Other Comments

レポートの作成にあたってはオリジナルなものを作成すること。ファイルのコピーは厳禁。
【科目ナンバリング・カリキュラムマップはこちらから/Click here to see the Curriculum-Map and Course-Numbering】
URL:https://secure.ritsumei.ac.jp/students/pathways-future/course/curriculum.html/