授業科目名 年度 学期 開講曜日・時限 学部・研究科 全担当教員 単位数
34234:ゲノムシミュレーション実験(M) § 34235:生命情報学実験3(M) 2023 秋１Ｑ 木3-5 生命科学部 天野 晃、伊藤 將弘、塩谷 和基、塩生 くらら、肥喜里 志門 1

キャンパス

BKC

授業施設

計算機実習室

授業で利用する言語

日本語

授業の概要と方法

計算機実験ではバイオ関連のデータベースを紹介し，簡単な解析をインターネットを用いて行なう．さらに大規模データを取り扱う解析アルゴリズムの実装までを，C言語にてプログラミングする．

授業実施形態：対面

受講生の到達目標

バイオインフォマティックスの代表的アルゴリズムを理解し，C言語を用いてプログラムを作成できる．

事前に履修しておくことが望まれる科目

プログラム言語、プログラム演習

授業スケジュール

授業回数/
担当教員（複数担当の場合） 		テーマ
キーワード・文献・補足事項等
1

実験の概要と導入、バイオデータベースと解析ツール、基礎プログラミング

ガイダンス（伊藤）バイオデータベースと解析ツール（塩生）

2

応用プログラミング（１） ：

C言語の復習とFASTA形式の読み込み（塩谷）

3

応用プログラミング（２） ：

タンパク質の内外予測（調整中）

4

応用プログラミング（３） ：

動的計画法（伊藤） 10/20

5

応用プログラミング（４） ：

動的計画法（伊藤） 10/27

6

応用プログラミング（５） ：

微分方程式の数値解法１（天野）

7

応用プログラミング（６） ：　

微分方程式の数値解法２（天野）

8

確認テストと解説
　

確認テストと解説
　

授業実施形態

BCP停止の場合は、BCPレベル0～2の記載どおりに授業が行われます。
During the suspension period of BCP, classes will be as described in BCP levels 0-2.


BCPレベル1～2の場合、対面授業で実施する。ただし、BCPレベル1～2であっても感染状況の悪化や不測の事態を考慮して、BCP3～4の対応をする場合もありうる。詳細はmanaba+Rにて連絡する。
BCPレベル3～4となった場合には、対面授業の代わりにWebでのリアルタイム授業を実施する。詳細はmanaba+Rにて連絡する。

授業外学習の指示

プログラミング言語を復習してください。

成績評価方法

種別 割合(%) 評価基準等
定期試験（筆記） 0

レポート試験
（統一締切日を締切とするレポート）		 0

上記以外の試験・レポート、平常点評価
（日常的な授業における取組状況の評価）		 100

レポート、授業態度等にて評価を行う：80%
確認テストにて評価を行う：20%

成績評価方法(備考)

1/3以上欠席した場合には原則として単位を与えない．遅刻には厳正に対処する．
またレポートも1/3以上未提出の場合は単位を与えない．
レポート未提出の場合は、欠席としてあつかう。


確認試験が実施できなかった場合は、レポートにて評価する。

受講および研究に関するアドバイス

本実験では，第1回目を除いて，すべてC言語を用いて，バイオインフォマティックスの基本となるプログラムをコーディングする．第2回目で，復習の時間を取っているが，それ以前に各自で復習を行い，本実験の準備をすることが望ましい．

教科書

教科書(使用頻度、その他補足)

参考書

参考書(使用頻度、その他補足)

レジュメを配布する．

参考になるwwwページ

授業内外における学生・教員間のコミュニケーションの方法

manaba+R

備考

【科目ナンバリング・カリキュラムマップはこちらから/Click here to see the Curriculum-Map and Course-Numbering】
URL:https://secure.ritsumei.ac.jp/students/pathways-future/course/curriculum.html/