Ritsumeikan University Syllabus

Course Name	Year	Term	Period	Faculty / Graduate School	All Instructors	Credits
33986:Experiments for Cell System Simulations (M) § 33987:Experiments in Bioinformatics 5 (M)	2023	S2Q	Wed3-5	College　of　Life　Sciences	AMANO AKIRA、KIKUCHI TAKESHI、SHIONYU CLARA、TAKAHASHI TAKUYA、TOGASHI YUICHI、HIKIRI SIMON	1

Campus

BKC

Class Venue

Computer Training Room

Language

Japanese

Course Outline and Method

シミュレーション技術を習得し、コンピュータを用いた分子モデリングと創薬の基礎、さらにニューラルネットワークについて学ぶ。

BCPレベルに応じた　メディアを利用した授業を行うので、授業実施形態　を確認してください。

基本、manaba+Rにて資料を公開し、レポート提出等を課します。
また各回、簡単な小テストや、最終回には確認テストも行う予定です。
詳細はmanaba+Rを通じて指示しますので、各回の授業開始前にmanaba+Rをこまめに確認しておいてください。

Student Attainment Objectives

分子動力学法を中心としたシミュレーション技術と、その基礎にある物理化学や数理を習得する。タンパク質が多様な性質をもつことを理解する。ニューラルネットワークについて基礎的な概念と応用を理解する。

Recommended Preparatory Course

分子シミュレーション実験を履修しておくこと。
プログラム言語、数理生物学、生物科学、化学、物理学、生命物理科学
などの関連する基礎および専門科目を事前に履修しておくことが望まれる　

Course Schedule

Lecture/Instructor（When there are multiple instructors)	Theme
Lecture/Instructor（When there are multiple instructors)	Keyword, References and Supplementary Information
1/ 高橋・冨樫・天野・肥喜里・塩生・菊地	１シミュレーション導入
1/ 高橋・冨樫・天野・肥喜里・塩生・菊地	MD、分子モデル、数値解析
2/ 高橋・塩生・冨樫・天野・肥喜里・菊地	２分子動力学法とシミュレーション演習I
2/ 高橋・塩生・冨樫・天野・肥喜里・菊地	分子動力学、蛋白質変性、分子力場
3/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	３分子動力学法とシミュレーション演習II
3/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	分子動力学、ドッキング１
4/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	４分子動力学法とシミュレーション演習III
4/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	分子動力学、ドッキング2
5/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	５ニューラルネットワークシミュレーション演習I
5/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	数値解析、数理モデル1
6/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	６ニューラルネットワークシミュレーション演習II
6/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	数値解析、数理モデル2
7/天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	７ニューラルネットワークシミュレーション演習III
7/天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	数値解析、数理モデル3
8/ 冨樫・高橋・肥喜里・天野・塩生・菊地	８シミュレーション演習まとめ
8/ 冨樫・高橋・肥喜里・天野・塩生・菊地	数値解析、数理モデル4

Class Format

BCP停止の場合は、BCPレベル0～2の記載どおりに授業が行われます。
During the suspension period of BCP, classes will be as described in BCP levels 0-2.

BCP レベル1 2 3の場合、原則として全回対⾯形式で実施する。ただし、BCP レベル1 2 3であっても感染状況の悪化や不測の事態を考慮して、BCP4 の対応をする場合もありうる。詳細は、manaba+R にて連絡する。
BCP レベル4 となった場合には、初回授業はオンデマンド授業とし、授業2 回⽬以降はWeb でのリアルタイム授業を実施する。詳細はmanaba+R にて連絡する。

Recommendations for Private Study

実験を成功させるため、その内容を正しく理解するため、安全に行うために必ず予習が必要。
配布する実習書に目を通し、実習手順などをまとめ、
レポート課題について予習し、
レポート作成に当たっては、参考となる図書を自ら探して、よく調べること。

Grade Evaluation Method

Kind	Percentage	Grading Criteria etc.
Final Examination (Written)	0
Report Examination (A report to be submitted by the unified deadline)	0
Exams and/or Reports other than those stated above, and Continuous Assessment　 (Evaluation of Everyday Performance in Class)	100	提出レポート内容、小テスト、予習復習の提出等によって、実習課題が習得されているか評価する。

Grade Evaluation Method （Note）

レポートは期限内に提出すること。遅れたものは原則受け付けない。
2/3以上の実習に出席していて，原則として、全てのレポートを提出した者のみを成績評価の対象とする．
（遅刻2回で欠席に相当するので要注意）
遅刻には厳正に対処する。
私語など授業妨害行為は厳しく減点

Advice to Students on Study and Research Methods

本実習は計算機実習であるので、操作内容がブラックボックスになりやすい。操作内容の意味を考えながら実習すること。
授業開始時間とともに実験，または実験の概容説明，注意を行うので、遅刻せず、きちんと課題を行い、レポートを期限までに必ず提出すること。
また以下の参考となるWWW ページ等をあらかじめ見ておき、関連する科目を復習すると良い。

Textbooks

Textbooks （Frequency of Use, Note）

実験テキストおよびレジュメを配布する。

Reference Books

Reference Books （Frequency of Use, Note）

Web Pages for Reference

分子力学や分子動力学MD、さらにbioinformatics全般に関して
http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/sb/
http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/bp/
http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/cc/

How to Communicate with the Instructor In and Out of Class(Including Instructor Contact Information)

Communication Paper,Learning Management System （manaba+R）,Talk with Students,Other (Separate instructions will be provided)

Other Comments

http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/

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