立命館大学シラバス

授業科目名	年度	学期	開講曜日・時限	学部・研究科	全担当教員	単位数
30218:細胞・システムシミュレーション実験(M) § 30219:生命情報学実験5(M)	2024	春２Ｑ	水3-5	生命科学部	天野晃、菊地武司、塩生くらら、高橋卓也、冨樫祐一、肥喜里志門	1

キャンパス

BKC

授業施設

計算機実習室

授業で利用する言語

日本語

授業の概要と方法

シミュレーション技術を習得し、コンピュータを用いた分子モデリングと創薬の基礎、さらにニューラルネットワークについて学ぶ。

基本、manaba+Rにて資料を公開し、レポート提出等を課します。
また各回、簡単な小テストや、最終回には確認テストも行う予定です。
詳細はmanaba+Rを通じて指示しますので、各回の授業開始前にmanaba+Rをこまめに確認しておいてください。

受講生の到達目標

分子動力学法を中心としたシミュレーション技術と、その基礎にある物理化学や数理を習得する。タンパク質が多様な性質をもつことを理解する。ニューラルネットワークについて基礎的な概念と応用を理解する。

事前に履修しておくことが望まれる科目

分子シミュレーション実験を履修しておくこと。
プログラム言語、数理生物学、生物科学、化学、物理学、生命物理科学
などの関連する基礎および専門科目を事前に履修しておくことが望まれる　

授業スケジュール

授業回数/ 担当教員（複数担当の場合）	テーマ
授業回数/ 担当教員（複数担当の場合）	キーワード・文献・補足事項等
1/ 高橋・冨樫・天野・肥喜里・塩生・菊地	１シミュレーション導入
1/ 高橋・冨樫・天野・肥喜里・塩生・菊地	MD、分子モデル、数値解析
2/ 高橋・塩生・冨樫・天野・肥喜里・菊地	２分子動力学法とシミュレーション演習I
2/ 高橋・塩生・冨樫・天野・肥喜里・菊地	分子動力学、蛋白質変性、分子力場
3/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	３分子動力学法とシミュレーション演習II
3/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	分子動力学、ドッキング１
4/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	４分子動力学法とシミュレーション演習III
4/ 高橋・肥喜里・冨樫・天野・塩生・菊地	分子動力学、ドッキング2
5/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	５神経細胞のシミュレーション演習I
5/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	数値解析、数理モデル1
6/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	６神経細胞のシミュレーション演習II
6/ 天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	数値解析、数理モデル2
7/天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	７神経細胞のシミュレーション演習III
7/天野・高橋・冨樫・肥喜里・塩生・菊地	数値解析、数理モデル3
8/ 冨樫・高橋・肥喜里・天野・塩生・菊地	８シミュレーション演習まとめ
8/ 冨樫・高橋・肥喜里・天野・塩生・菊地	数値解析、数理モデル4

授業実施形態

原則として全回対⾯形式で実施する。メディア授業を行う場合は、manaba+Rにて事前に周知を行う。

授業外学習の指示

実験を成功させるため、その内容を正しく理解するため、安全に行うために必ず予習が必要。
配布する実習書に目を通し、実習手順などをまとめ、
レポート課題について予習し、
レポート作成に当たっては、参考となる図書を自ら探して、よく調べること。

成績評価方法

種別	割合(%)	評価基準等
定期試験（筆記）	0
レポート試験（統一締切日を締切とするレポート）	0
上記以外の試験・レポート、平常点評価（日常的な授業における取組状況の評価）	100	提出レポート内容、小テスト、予習復習の提出等によって、実習課題が習得されているか評価する。

成績評価方法(備考)

レポートは期限内に提出すること。遅れたものは原則受け付けない。
2/3以上の実習に出席していて，原則として、全てのレポートを提出した者のみを成績評価の対象とする．
（遅刻2回で欠席に相当するので要注意）
遅刻には厳正に対処する。
私語など授業妨害行為は厳しく減点

受講および研究に関するアドバイス

本実習は計算機実習であるので、操作内容がブラックボックスになりやすい。操作内容の意味を考えながら実習すること。
授業開始時間とともに実験，または実験の概容説明，注意を行うので、遅刻せず、きちんと課題を行い、レポートを期限までに必ず提出すること。
また以下の参考となるWWW ページ等をあらかじめ見ておき、関連する科目を復習すると良い。

教科書

教科書(使用頻度、その他補足)

実験テキストおよびレジュメを配布する。

参考書

参考書(使用頻度、その他補足)

参考になるwwwページ

分子力学や分子動力学MD、さらにbioinformatics全般に関して
http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/sb/
http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/bp/
http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/cc/

授業内外における学生・教員間のコミュニケーションの方法

コミュニケーションペーパー,manaba+R,学生との直接対話,その他(教員より別途指示）

備考

http://www.ritsumei.ac.jp/~tkhs/

【科目ナンバリング・カリキュラムマップはこちらから/Click here to see the Curriculum-Map and Course-Numbering】
URL:https://secure.ritsumei.ac.jp/students/pathways-future/course/curriculum.html/