Course Name Year Term Period Faculty / Graduate School All Instructors Credits
30425:[2025 F1Q]Experiments for Genome Simulations (M) 2025 F1Q Thu3-5 College　of　Life　Sciences AMANO AKIRA、ITO MASAHIRO、SHIONYU CLARA、TARAMA SONJA、TOGASHI YUICHI、HIKIRI SIMON、YOSHITAKE YUSHI 1

Campus

BKC

Class Venue

Computer Training Room

Language

日本語

Course Outline and Method

計算機実験ではバイオ関連のデータベースを紹介し，簡単な解析をインターネットを用いて行なう．さらに大規模データを取り扱う解析アルゴリズムの実装までを，C言語にてプログラミングする．

授業実施形態：対面

Student Attainment Objectives

バイオインフォマティックスの代表的アルゴリズムを理解し，C言語を用いてプログラムを作成できる．

Recommended Preparatory Course

プログラム言語、プログラム演習

Course Schedule

Lecture/Instructor（When there are multiple instructors) Theme
Keyword, References and Supplementary Information
1

実験の概要と導入、バイオデータベースと解析ツール、基礎プログラミング

ガイダンス、バイオデータベースと解析ツール

2

応用プログラミング（１） ：

C言語の復習とFASTA形式の読み込み

3

応用プログラミング（２） ：

タンパク質の内外予測

4

応用プログラミング（３） ：

動的計画法1

5

応用プログラミング（４） ：

動的計画法2

6

応用プログラミング（５） ：

微分方程式の数値解法１

7

応用プログラミング（６） ：　

微分方程式の数値解法２


　


　

Class Format

原則として対面形式で実施する．

Recommendations for Private Study

プログラミング言語を復習してください。

Grade Evaluation Method

Kind Percentage Grading Criteria etc.
Final Examination (Written) 0

Report Examination
(A report to be submitted by the unified deadline)		 0

Exams and/or Reports other than those stated above, and Continuous Assessment　
(Evaluation of Everyday Performance in Class)		 100

レポート、授業態度、テスト等にて評価を行う：100%

Grade Evaluation Method （Note）

1/3以上欠席した場合には原則として単位を与えない．遅刻には厳正に対処する．
またレポートも1/3以上未提出の場合は単位を与えない．
レポート未提出の場合は、欠席としてあつかう。


Advice to Students on Study and Research Methods

本実験では，第1回目を除いて，すべてC言語を用いて，バイオインフォマティックスの基本となるプログラムをコーディングする．第2回目で，復習の時間を取っているが，それ以前に各自で復習を行い，本実験の準備をすることが望ましい．

Textbooks

Textbooks （Frequency of Use, Note）

Reference Books

Reference Books （Frequency of Use, Note）

レジュメを配布する．

Web Pages for Reference

How to Communicate with the Instructor In and Out of Class(Including Instructor Contact Information)

Learning Management System （manaba+R）

Other Comments

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